Добрый день! Анна, если стороны это согласовали, тогда сам договор аренды должен предусматривать подобный порядок расчётов, а вычет производится на основании счета-фактуры из бухгалтерии арендодателя, в связке с платёжным документом, подтверждающий перечисление обеспечительного платежа на счёт арендодателя. Впрочем, у Вас сугубо бухгалтерский вопрос, а по нашей части только пункт в договоре, который обеспечит зачет обеспечительного платежа в счет арендной платы. Если договор аренды планируете пролонгировать после окончания срока аренды, тогда арендатор направляет письмо в свободной форме арендодателю с просьбой зачесть обеспечительный платёж по старому договору (реквизиты, №, дата подписания) в счёт обеспечительного платежа по новому договору аренды (реквизиты, №, дата подписания).

Здравствуйте. Я не спец в коммерческой недвижимости, но думаю соглашение об удовлетворении встречных однородных требований подойдет.