Здравствуйте. При объединении участков возникает новый объект права , с новым кадастровым номером, прежние объекты прекращают существовать. Поэтому срок нахождения в собственности образованного земельного участка исчисляется с даты его регистрации в ЕГРН. Налог будет.
Зачем снова делать странные рокировки?
Дом зарегистрирован как жилой? Для ед. жилья применим трехлетний срок владения для безналоговой продажи.
Так же при продаже имеет смысл воспользоваться имущественными вычетами.

Добрый день! Иван, по итогам ветки и прочитанного: объединять в один участок нет смысла, Вы уже один раз обнулили минимальный срок владения, когда разделили на два участка.
Выход такой: распределяете доход таким образом, чтобы по ДКП участок без дома не превышал одного миллиона, чтобы потом свести налог на ноль, за счёт декларации и заявления стандартного имущественного вычета на миллион. Оставшуюся сумму по объектам распределяете на дом с участком по своему усмотрению, ибо налога не возникает, т.к. дом и участок более минимального срока владения (участку три года, за счёт единственного жилья на участке). Думаю, покупателю должно быть всё равно, как распределены суммы по договору купли-продажи, ему главное, чтобы получить общую сумму и официально в зачёт. Вуаля и готово, без налога к уплате!

То что для вновь образованного участка, под домом, будет три года это понятно. Как сейчас будет, когда один жилой дом и два трёхлетних участка?

Добрый день. Если объедините два участка в один, то срок владения для продажи без налоговых последствий при условии, что дом попадает под определение "единственное жилье", для вновь образованного участка будет три года.

Если я правильно понимаю, то один из участков (на котором расположен дом) под налог не попадает, согласно вот этого пункта:

"4) в собственности налогоплательщика (включая совместную собственность супругов) на дату государственной регистрации перехода права собственности от налогоплательщика к покупателю на проданный объект недвижимого имущества в виде комнаты, квартиры, жилого дома, части квартиры, части жилого дома (далее в настоящем подпункте - жилое помещение) или доли в праве собственности на жилое помещение не находится иного жилого помещения (доли в праве собственности на жилое помещение).

При соблюдении установленных настоящим подпунктом условий в отношении жилого помещения (доли в праве собственности на жилое помещение) положения настоящего пункта распространяются на земельный участок, на котором расположено такое жилое помещение (долю в праве собственности на земельный участок, связанную с долей в праве собственности на такое жилое помещение), и расположенные на указанном земельном участке хозяйственные строения и (или) сооружения."

Дом жилой. Участки попадают под срок владения в три года или нет?
(НК РФ Статья 217.1. :
....в собственности налогоплательщика на дату государственной регистрации перехода права собственности.... не находится иного жилого помещения")

Имущественный вычет не получится недвижимость получена дарственно.